История возникновения села Чемал, а впоследствии и Чемальского стана Алтайской Духовной Миссии, приводит нас в 1830 год, именно тогда эти места посетил архимандрит Макарий (в миру Михаил Яковлевич Глухарёв) – основатель Алтайской Духовной Миссии, «Апостол Алтая». В 1842 году с согласия местных жителей кочевников на берегу реки Катунь поселились 30 крестьянских семей из Смоленской волости Бийского уезда. Крестьяне-переселенцы довольно легко освоились на новом месте и стали мало-помалу ущемлять интересы более бедных кочевников.

В защиту их, в 1849 году, эти места посещает иеромонах Иоанн, один из миссионеров Алтайской Духовной Миссии (в то время миссию возглавлял преемник прп. Макария (Глухарева) протоирей Стефан Ландышев), и своими трудами возводит первый деревянный храм во имя святого Апостола и Евангелиста Иоанна Богослова. С постройкой этого храма основывается Чемальский стан Алтайской Духовной Миссии.

Благодаря отцу Иоанну авторитет Миссии стал настолько высок, что вопрос о принятии новых поселенцев в Чемале выносился на суд миссионера. Появление в Чемале Православной церкви означало, что образован полноценный миссионерский стан, который впоследствии стал одним из структурных единиц Алтайской Духовной Миссии, третьим после Улалинского (ныне город Горно-Алтайск) и Мыютинского отделений. В 1861 году в Чемальский стан был назначен молодой помощник иеромонах Макарий (Невский) (в миру Парвицкий Михаил Андреевич), принявший 16 марта 1861 года монашество, причем был назван именем основателя Алтайской Духовной Миссии, подвигу которого подражал.